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Antecedentes y objetivo: El genotipo (GT) 3 del virus de la hepatitis C (VHC) es en la actualidad, a la espera de los resultados de nuevas combinaciones, uno de los genotipos más difíciles de tratar. La sustitución asociada a resistencia (RAS) Y93H en la región NS5A es, sin duda, un posible “talón de Aquiles” para el tratamiento, especialmente en pacientes cirróticos. En nuestro trabajo, hemos evaluado la epidemiología molecular de los genotipos 3 que han fallado en la cohorte GEHEP004, con el objetivo de identificar posibles flujos de transmisión y elucidar el papel que España puede representar en redes de migración internacionales de este genotipo. Métodos: Se combinaron secuencias de la región NS5A y NS5B de genotipos 3, de la cohorte GEHEP004 (España) y de secuencias de otras localizaciones geográficas disponibles en diferentes bases de datos públicas. Para el análisis de las relaciones entre los linajes de VHC-GT3 y estimar las relaciones epidemiológicas, hemos empleado métodos de Inferencia Bayesiana. Los rangos de trasmisión “desde/hasta” se han inferido utilizando modelos filogenéticos discretos. Analizamos el patrón de aparición de diferentes codones en NS5B y NS5A. Resultados: No hemos encontrado una relación clara entre el lugar de aislamiento del virus y las siguientes sustituciones asociadas a resistencia (RAS): NS5B [S282T, C316N/Y y V321A] y NS5A [M28T/V y L31M/V]. Sin embargo, encontramos una sobrerrepresentación de Q30L en los virus presentes en Pakistan (p=0.009) y de Y93H en los virus de la cohorte GEHEP-004 (p=0.052). Los métodos filogenéticos de reconstrucción de ancestros han demostrado que Y93H se genera de novo y que no existe “founder effect” para esta sustitución, a diferencia de lo que se demostró previamente para los aislados de VHC-GT1a con la RAS Q80K en NS3. Nuestros datos demuestran que España se comporta como un “exportador” de VHC-GT3a hacia Portugal y Alemania, y a los países de la “Anglosfera” (Australia, Canada, India, Pakistan, UK y USA), y que “recibe” aislados fundamentalmente desde Alemania y Reino Unido, existiendo diferencias importantes en función de la región genómica del VHC que se evalúe. Conclusiones: España puede comportarse como un “punto caliente” para la diseminación de Y93H en el futuro, en especial si persiste la frecuente generación de novo de aislados con esta RAS. En base a las diferencias que se obtienen en los patrones migratorios en función de las diferentes regiones genómicas analizadas, pensamos que nuestros resultados deben ser confirmados utilizando regiones genómicas de mayor longitud.