ITEM METADATA RECORD
Title: Synthesis of mimetics of the Antibody 82D6A3 : A new class of antithrombotics.
Other Titles: Synthese van mimetica van het antilichaam 82D6A3 : Een nieuwe klasse van antitrombotica.
Authors: Deschrijver, Tiny
Issue Date: 20-Oct-2009
Abstract: Op het Labo voor Trombose Onderzoek van de KULAK (België) heeft men een antitrombotisch monoclonaal antilichaam (moAb) 82D6A3 gekarakteriseerd.1 Het antilichaam inhibeert de interactie tussen het plasma-eiwit von Wil lebrand Factor (VWF) en het door beschadiging blootgestelde collageen in de aders. Dit is een noodzakelijke interactie voor de trombusvorming in de slagaders (hoge schuifspanning). Het is in vivo aangetoond dat het moAb 82D6A3 een antitrombotisch effect heeft zonder de bloedingscomp licaties te vertonen die bestaande antitrombotica zoals Asperine en Reop ro wel vertonen. Dit maakt van moAb 82D6A3 een aantrekkelijke lead voor antitrombotisch drug design. Via X-ray- en mutagenesestudies heeft men de paratoop (active site) van het moAb bepaald. Zes aminozuren, die elkaar niet opvolgen in de primair e structuur, vormen een quasi lineair geheel op het oppervlakte van het antilichaam. Incorporatie van de aminozuurketens en fixatie van de secun daire structuur, is het doel van de paratoopmimetica-ontwikkeling. Deze ontwikkeling was een stapsgewijs proces, waarin we in elke stap een conf ormationele restrictie werd geïntroduceerd. Hiermee hoopten we af te wij ken van de natuurlijke peptidestructuur en meer te komen tot een drug-li ke molecule. 1. Syn these van lineaire peptides. 2. Inc orporatie van een spacer en cyclisatie van de molecules. 3. Syn these van ß-turn mimetica 4. Com binatie van stap 2 en stap 3. 1] Staelens S., Hadders M.A., Vauterin S., Platteau C., Vanhoorelbeke K. , Huizinga E.G., Deckmyn H., Journal of Biological Chemistry, 2006, 281, 4, 2225-2231
Table of Contents: TABLE OF CONTENTS
INTRODUCTION 1
1. INTRODUCTION 2
1.1. PEPTIDOMIMETIC DESIGN 2
1.1.1. Peptidomimetics 2
1.1.2. Protein-protein interactions 4
1.1.3. Peptidomimetics derived from the complementarity determining region of an antibody 6
1.2 ANTITHROMBOTIC ANTIBODY 82D6A3: AN INNOVATIVE ANTIBODY 7
1.2.1. Thrombus formation and antithrombotics 7
1.2.2. Paratope determination 11
1.2.3. Paratope description 14
1.2.4. β-turn mimetics 15
2. ANTITHROMBOTIC DRUG DEVELOPMENT SUPPORTED BY A COLLABORATIVE NETWORK 19
2.1. IN-VITRO SCREENING: ENZYME-LINKED IMMUNOSORBENT ASSAY 20
3. GOALS AND OVERVIEW 22
3.1. SYNTHESIS OF PARATOPE DERIVED PEPTIDES 22
3.2. SYNTHESIS OF PEPTIDES BASED ON BIOLOGICAL AND MODELING RESULTS 23
3.3. SYNTHESIS OF β-TURN MIMETICS 23
3.3.1. Small molecules analogous to Kahn et al. 24
3.3.2. Small molecules analogous to Ellman et al. 25
3.3.3. 1,4-Benzodiazepin-3-ones 25
3.3.4. Small molecules analogous to Burgess et al. 26
PART 1 - PEPTIDES 27
1. SYNTHESIS OF PARATOPE DERIVED PEPTIDES 28
1.1. PEPTIDE CHEMISTRY 28
1.1.1. Amino acid, peptide and protein structure 28
1.1.2. Solid phase peptide synthesis 29
1.1.3. SPPS versus peptide synthesis in solution 33
1.2. SYNTHESIS OF LINEAR AND CYCLIC PARATOPE DERIVED PEPTIDES 34
1.2.1. Synthesis of linear peptides 34
1.2.2. Synthesis of cyclic peptides 36
2. BIOLOGICAL AND MODELING RESULTS AS GUIDELINES FOR NEW PEPTIDE SEQUENCES 41
2.1. SYNTHESIS OF PEPTIDES AND MULTIPLE ANTIGEN PEPTIDES BASED ON BIOLOGICAL SCREENING RESULTS 41
2.1.1. Adapted peptide sequences 41
2.1.2. Multiple antigen peptides (MAPs) 44
2.1.3. Evaluation of the ELISA results 47
2.2. PEPTIDES DERIVED FROM MODELING RESULTS 49
2.2.1. Cyclic disulfide peptides 50
2.2.2. Cyclic peptide by Ring Closure Metathesis 51
CONCLUSION PART 1 58
PART 2 - FOUR SMALL LIBRARIES OF Β-TURN MIMETICS 61
1. 1,6,8-SUBSTITUTED TETRAHYDRO-2H–PYRAZINO[1,2-A] PYRIMIDINE-4,7-DIONES 63
1.1. SYNTHESIS DISCUSSION 66
1.2. CONFORMATIONAL ANALYSIS 73
2. 2,5,7-TRISUBSTITUTED-1,4,7-THIADIAZONANE-3,6-DIONES 77
2.1. SYNTHESIS DISCUSSION 79
2.1.1. Reaction mechanisms and precursor synthesis 79
2.1.2. 2,5,7-Trisubstituted-1,4,7-thiadiazonane-3,6-diones 85
2.2. CONFORMATIONAL ANALYSIS 89
3. 1,4-BENZODIAZEPIN-3-ONES 91
3.1. SYNTHESIS DISCUSSION 92
3.1.1. General synthesis 92
3.1.2 Modifications of the scaffold 93
3.2. CONFORMATIONAL ANALYSIS 96
3.3. BIOLOGICAL SCREENING RESULTS 97
4. 13- AND 14- MEMBERED RING SYSTEMS FORMED BY SNAR CYCLIZATION 99
4.1. SYNTHESIS DISCUSSION 99
4.2. CONFORMATIONAL ANALYSIS 104
CONCLUSION PART 2 106
GENERAL CONCLUSION 109
PART 3 - EXPERIMENTAL PART 111
Equipment used 112
Part 1 - Chapter 1 and chapter 2 115
A. PROCEDURES FOR FMOC BASED SPPS 115
B. CHARACTERIZATION OF PEPTIDES AND MAPs 117
C. SYNTHESIS OF THE PRECURSORS 122
ELISA protocol 129
Part 2 - Chapter 1 130
Part 2 – Chapter 2 144
Part 2 – Chapter 3 156
Part 2 – Chapter 4 182
LIST OF REFERENCES 194
PUBLICATION 200
ISBN: 978-90-8649-287-9
Publication status: published
KU Leuven publication type: TH
Appears in Collections:Molecular Design and Synthesis

Files in This Item:
File Status SizeFormat
TinyDeschrijver.pdf Published 2710KbAdobe PDFView/Open Request a copy

These files are only available to some KU Leuven Association staff members

 




All items in Lirias are protected by copyright, with all rights reserved.