ITEM METADATA RECORD
Title: HIV-1 genetic diversity and anti-HIV drug resistance
Other Titles: HIV-1 genetische diversiteit en anti-HIV drug resistentie.
Authors: Snoeck, Joke
Issue Date: 23-May-2005
Abstract: HIV wordt gekarakteriseerd door een zeer grote genomische diversiteit. D it speelt een belangrijke rol bij het opvolgen van patiënten. Diagnostis che en genotypische testen zijn vaak minder betrouwbaar bij non-B subtyp e virussen en recombinanten. Er is ook slechts beperkte informatie besch ikbaar over de gevoeligheid voor antivirale middelen en de response op t herapie van deze varianten. Een ander aspect is de ontwikkeling van een vaccin voor HIV. In het ideale geval zou men rekening moeten houden met alle varianten die in het gebied circuleren. De prevalentie van non-B subtypes stijgt in landen waar subtype B het me est voorkomende subtype is. Daarom wordt ook meer onderzoek verricht naa r het belang van deze subtypes. In deze thesis probeerden we enkele aspe cten van de diversiteit van het virus en de ontwikkeling van drug resist entie na te gaan. Hoofdstuk 2 en 3 beschrijven de epidemiologie van HIV in 2 Belgische zie kenhuizen. In een eerste studie stelden we een techniek op punt voor sub typering van het pol gen op basis van bootscanning en fylogenetisc he analyse. Deze regio bleek betrouwbaar voor subtypering van het virus en met behulp van bootscanning kon recombinatie in dit gen opgespoord wo rden. Deze techniek werd toegepast op sequenties van virussen die verzam eld werden voor genotypering in de Leuvense Universitaire Ziekenhuizen t ussen 1999 en 2004. Epidemiologische informatie werd verzameld van de pa tiënten behandeld in het ziekenhuis in 1999 en er werd nagegaan of er ve rbanden konden gevonden worden tussen het subtype en andere factoren. We zagen een stijging van het aantal non-B subtypes en recombinanten doorh een de jaren.. Non-B subtypes bleken geassocieerd te zin met een Afrikaa nse origine van het virus, heteroseksuele transmissie en geslacht. Verde r documenteerden we transmissie van subtype C virussen tussen Belgische patiënten, met enkel een indirect verband met een endemisch gebied. In een tweede studie verzamelden we sequenties uit 2 Belgische ziekenhui zen in Brussel en Leuven van patiënten die gediagnosticeerd waren tussen 1983 en 2001. Ook hier vonden we een hoge prevalentie van non-B subtype virussen en een significante stijging van het aantal non-B subtypes en recombinanten. Met multivariate analyse konden we aantonen dat Afrikaans ras, heteroseksuele transmissie, Afrikaanse origine van het virus en he t jaar van diagnose significant geassocieerd waren met een non-B subtype infectie. Deze resultaten bevestigden voor een uitgebreidere populatie wat we reeds in de eerste studie zagen. In Hoofdstuk 4 analyseerden we 7 sequenties uit Portugal die allen eenze lfde breekpunt in het pol gen bezaten en nieuwe B/G recombinanten leken te zijn. Op basis van de gevonden recombinatiepatronen vermoeden w e dat er 2 nieuwe CFRs circuleren in Portugal, een CRF14_BG sequentie wa arvan het pol gen te gevolge van een extra recombinatie behoort to t subtype B en één met nog een extra subtype B fragment in gag. De laatste 2 hoofdstukken 5 en 6 handelen over resistentie in non-B subt ype virussen. In Hoofdstuk 5 beschrijven we een nieuwe genotypische test , die de gag cleavage sites en de RNaseH regio mee insluit. De test was gevoelig genoeg en kon gebruikt worden voor de genotypering van een pane l virussen van verschillende subtypes en recombinanten. In het laatste hoofdstuk beschrijven we de resistentie interpretatie van 4 algoritmen voor non-B subtype virussen. Het aantal discordanties bij de voorspelling van resistentie bleek te verschillen naargelang het anti virale middel en het subtype. Met behulp van datamining technieken ident ificeerden we mutatiepatronen die verantwoordelijk waren voor de geobser veerde discordanties. Deze patronen werden meestal door 1 van de algorit men anders gescoord dan de andere systemen.
Publication status: published
KU Leuven publication type: TH
Appears in Collections:Laboratory of Clinical and Epidemiological Virology (Rega Institute)
Animal Physiology and Neurobiology Section - miscellaneous

Files in This Item:

There are no files associated with this item.

Request a copy

 




All items in Lirias are protected by copyright, with all rights reserved.