ITEM METADATA RECORD
Title: Strategies for detection of novel genetically divergent Papillomaviruses and study of the genetic diversity and molecular evolution of the Papillomaviridae
Other Titles: Strategies for detection of novel genetically divergent Papillomaviruses and study of the genetic diversity and molecular evolution of the Papillomaviridae
Authors: Rector, Annabel
Issue Date: 30-May-2005
Abstract: De Papillomaviridae zijn een grote familie species-specifieke pathogenen die epitheliale proliferaties veroorzaken in een breed spect rum van dierlijke gastheren. De meerderheid van de gekende papillomaviru ssen (PVs) werd geïsoleerd bij de mens, en hoewel de genotype-variëteit bij niet-menselijke gastheren tot op heden beperkt is, werden PVs gedete cteerd bij de meeste nauwkeurig onderzochte vertebraten. Om nieuwe PVs te isoleren uit een wijde variëteit aan gastheerspecies st elden we technieken op punt om de gevoeligheidsgraad voor detectie en is olatie van PVs te verhogen. Enerzijds werden gedegenereerde PV-specifiek e primers ontwikkeld, waarmee een deel van een onbekend PV genoom vermen igvuldigd kan worden met PCR, waarna het volledige circulaire genoom via inverse PCR gekarakteriseerd kan worden. Anderzijds optimaliseerden we een ‘multiply primed rolling-circle amplification (RCA)’ methode voor se quentie-onafhankelijke vermenigvuldiging van het circulaire DNA genoom v an PVs. Deze nieuwe technologie bootst het moleculaire mechanisme na dat vele virussen gebruiken voor replicatie van hun DNA in geïnfecteerde ce llen, en maakt hiervoor gebruik van het bacteriofaag phi29 DNA polymeras e. Deze techniek kan toegepast worden voor isolatie van nieuwe PVs, en m ogelijk ook van andere circulaire DNA virussen, of circulaire intermedia iren of bij-producten van virussen met een genoom dat normalerwijze line air is. De sequentiegegevens van nieuw gekarakteriseerde PVs werden gebruikt om de genetische diversiteit en moleculaire evolutie van de Papillo maviridae te onderzoeken. We bepaalden de volledige sequentie van het Felis domesticus PV (FdPV-1) van de kat, het Psittac us erithacus PV (PePV) van de papegaai, het Equus caballus PV (EcPV-1) van het paard, het Trichechus manatus latirostris</ &gt; PV (TmPV-1) van de lamantijn, het Erethizon dorsatum PV (Ed PV-1) van het Noordamerikaans stekelvarken, het Procyon lotor PV (PlPV-1) van de wasbeer, het Lynx rufus PV (LrPV-1) van d e rode lynx, het Puma concolor PV (PcPV-1) van de Florida poe ma, en het Panthera leo persica PV (PlpPV-1) van de Aziatisch e leeuw. De PVs van carnivoren (FdPV-1, LrPV-1, PcPV-1 en PlpPV-1 van katachtigen , en PlPV-1 van de wasbeer) bezitten in hun genoom een ongewone tweede n iet coderende regio, die voorheen enkel in het canine oral PV van de hon d werd teruggevonden. Fylogenetische analyse plaatst deze PVs samen in&amp;n bsp;één genus (Lambda), en de divergentietijdstippen van deze virussen z ijn grotendeels in overeenstemming met de tijdstippen waarop hun carnivo re gastheren van elkaar divergeerden. Dit ondersteunt de hypothese dat d e huidige diversiteit aan PVs ontstaan is door co-evolutie en co-speciat ie met hun gastheren gedurende de vertebraatevolutie. Het PePV was het eerste volledig gekarakteriseerde vogel PV, en vertoont een unieke organisatie van de vroege eiwitregio, wat mogelijk een nieuw prototype genoomorganisatie voor PVs van vogels is. Volgens fylogenetis che vergelijking met partiële sequenties van het FPV van een vink (Fr ingilla coelebs) blijkt dat beide vogel PVs samen clusteren in een ta k die ontspringt nabij het centrum van de PV evolutionaire boom, en zij zijn slechts ver verwant aan de PVs van zoogdieren. Zowel het EcPV-1 van het paard als het TmPV-1 van de lamantijn vertonen slechts geringe similariteit met andere PVs, en werden ondergebracht in nieuwe ‘close-to-root’ genera. De EcPV-1 sequentie werd gebruikt voor co nstructie van L1 ‘virus-like particles’, die aangewend kunnen worden als niet-infectieus vaccin voor preventie van cutane papillomatose bij paar den. Deze vaccinstrategie is gelijkaardig aan degene die momenteel met s ucces uitgetest wordt voor preventie van baarmoederhalskanker, veroorzaa kt door bepaalde types van humaan papillomavirus. Ook het EdPV-1 van het stekelvarken vertoont een geïsoleerde fylogenetis che positie, en clustert niet met andere PVs van Rodentia. Ne t als bij de mens zijn ook binnen de knaagdieren zeer divergente PV type s aanwezig. Dit geeft aan dat de huidige genotypediversiteit aan PVs in relatie tot hun gastheerspecies in de meeste (mogelijk zelfs alle) geval len gecompliceerd is door een bijkomende diversiteit binnen elk gastheer species, die waarschijnlijk zijn oorsprong vindt in de aanwezigheid van verscheidene PV voorouderlijnen in de voorouders van de huidige vertebra ten.
Publication status: published
KU Leuven publication type: TH
Appears in Collections:Laboratory of Clinical and Epidemiological Virology (Rega Institute)

Files in This Item:

There are no files associated with this item.

Request a copy

 




All items in Lirias are protected by copyright, with all rights reserved.